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民國36年4月，中華民國國民政府修正公布行政院組織法並正式施行，行政院下設內政部等15部、資源委員會等3會及新聞局，共19個所屬機關。嗣經民國38年3月，受國共內戰影響，行政院大幅精簡組織，將所屬機關縮減為內政部等8部、蒙藏委員會等2會及主計處，共11個所屬機關。 民國76年至民國77年間，行政院為因應戒嚴的解除，開始規劃行政院的部會組織調整，並於77年10月將行政院組織法修正草案首度函送立法院審議；依該草案內容，將行政院所屬機關調整為內政部等12部、蒙藏委員會等7會、環境保護總署等3總署、主計總處、中央銀行及國立故宮博物院，共25個所屬機關。惟因朝野意見分歧，此次修正草案最終於民國79年6月撤回。 直至民國93年6月，在立法院各黨團的共識下，立法院三讀通過「中央行政機關組織基準法」；規定行政院所屬以設13部、4會、5獨立機關為限，另三級機關署、局總數以50個為限。 復於民國97年7月，行政院成立組織改造推動小組，展開部會協商及專家學者諮詢，重行檢討舊有組改法案並送立法院審議；後於民國99年1月12日及13日，經立法院三讀完成行政院組織改造法案，確立行政院下設內政部等14部、國家發展委員會等8會、中央選舉委員會等3獨立機關、中央銀行、國立故宮博物院及2個總處，共29個所屬機關，並連動修正「中央行政機關組織基準法」，正式完成行政院組織改造階段性任務。