97.06.19
行政院會議通過「小三通人員往來正常化實施方案」，持兩岸入出境有效證件者，即日起可從金門或馬祖進出中國大陸。
97.10.01
實施國民年金制度。
97.10.07
鑒於當前國際金融情勢動盪，為穩定金融體系、強化存款人信心，宣布實施「存款全額保障」政策。
97.11.24
行政院會議修正通過「振興經濟消費券發放特別條例」草案，97.12.05立法院三讀通過，同日總統公布。
98.01.01
實施勞保年金制度。
98.02.05
行政院會議通過「行政法人法」草案；100.04.08立法院三讀通過；100.04.27總統公布。
98.03.26
行政院宣布推動六大新興產業。行政院會議通過「兵役法」部分條文修正草案，100.12.13立法院三讀通過，100.12.28總統公布，我國兵役制度由「募徵併行制」，逐年轉型為「募兵制」。
98.06.11
行政院會議通過「所得稅法」第4條、第17條、第126條修正草案；100.01.07立法院三讀通過；100.01.19總統公布，刪除軍人與教師薪資所得免稅優惠，自101.01.01施行。
98.08.08
莫拉克颱風重創南臺灣，全臺災情慘重；行政院成立莫拉克颱風災後重建推動委員會。98.08.27立法院三讀通過「莫拉克颱風災後重建特別條例」及1,165億元特別預算，98.08.28總統公布。
98.08.27
行政院核定臺北縣、臺中縣市、臺南縣市、高雄縣市改制計畫，自99.12.25實施。
