訓政時期的行政院
民國17年10月8日，國民政府頒布「中華民國國民政府組織法」，確立五院制度，並於同年10月20日，首度制定「行政院組織法」。行政院內設內政、外交、軍政、財政、農礦、工商、教育、交通、鐵道、衛生等10部，及建設、蒙藏、僑務、勞工、禁烟等5委 員會；10月25日，訓政時期的行政院開始正式運作。
訓政時期，國民政府面臨各項內憂外患；當時的行政院曾多次因應調整其組織結構。例如，民國19年6月，國民政府修正公布「行政院組織法」，增設海軍部，裁撤僑務委員會；民國21年8月3日，增置司法行政部，恢復僑務委員會，裁撤農礦、衛生2部及建設委 員會，而工商部，則改稱實業部；民國25年5月12日，為配合富國強兵政策下的新生活運動，增置衛生署，並裁撤司法行政部、勞委會、禁烟會，而成9部2會1署格局。
嗣後，為因應全面對日抗戰的需要，民國27年起，陸續將海軍部併入軍政部、鐵道部併入交通部、實業部改稱經濟部、衛生署改隸內政部，保留原有僑務及蒙藏2委員會，將當時的行政院整併成7部2會的結構；民國32年10月1日增置農林、社會、糧食、司法行政 4部，及賑濟委員會，和衛生與地政2署，而成11部3會2署結構。
參考資料：
葉維銓、蕭全政、戴寶村，《創新前瞻‧繼往開來－行政院組織改造檔案專題選輯》（臺北市：行政院研考會，檔案管理局，民100）。